Il Santuario attuale risale agli ultimi decenni del Cinquecento per volere dell’Arcivescovo di Milano San Carlo Borromeo che si avvalse dell’Architetto Pellegrino Tibaldi, di cui il progetto (modificato più volte nel tempo) iniziò ad attuarsi nel 1571.
I lavori di costruzione si protrassero per tutto il secolo successivo per concludersi nel 1722 con la costruzione del lanternino della cupola.
La durata dei lavori di costruzione implica la sovrapposizione di diversi stili che vanno da forme classiche (il manierismo gigante del Tibaldi, che per formazione si rifà allo stile michelangiolesco), al barocco più deciso all’interno dell’Altare maggiore.
La struttura della Basilica si presenta a croce latina, con al centro un corpo di forma quadrata che supporta la maestosa cupola, da cui partono due bracci principali, a una sola navata, asimmetrici (poiché quello verso ponente è più lungo). La navata maggiore (quella di ponente) è arricchita di quattro cappelle per lato. Le due navate si incrociano col transetto al centro del quale è posto il colonnato dell’Altare maggiore. I due bracci delle navate terminano con un superbo porticato.
L’interno del Santuario è ampio e ricco di cromia per le decorazioni di Giovanni Moriggia (1796 – 1878) e di Luigi Cavenaghi (1844 – 1918) entrambi artisti nativi di Caravaggio.
In mezzo al piazzale si trova la lunga fontana in diretta comunicazione con il Sacro Fonte passando sotto il Tempio. In origine nella fontana potevano immergersi separatamente uomini e donne per significare la purificazione della conversione e la grazia battesimale, un rito oggi sostituito dall’acqua sgorgante dalla Sorgente del Sacro Fonte.
