Bonincontro Secco, autorizzato con “lettere patenti” del vicario generale del vescovo di Cremona (31 luglio 1432), probabilmente già nei mesi successivi benediceva la prima pietra della “cappella” che sarebbe sorta con annesso “ospedale” sul luogo dell’Apparizione nel prato Mazzolengo. Lasciti in danaro e permute di terreni vengono a confermare l’istituzione di una “cappellania”; nel mese di agosto 1433 il duca di Milano può emanare disposizioni per la celebrazione di una Messa settimanale al sabato (“Messa ducale”).
Nel 1516, come si legge nella “lettera apostolica” di Papa Leone X a conferma della piena autonomia della Schola di Santa Maria, la piccola cappella era divenuta una “chiesa veramente insigne, con edifizi adatti, ornamenti e pitture venerande”. Nella seconda metà del secolo XVI si sentì la necessità di ampliarla ulteriormente, ma le opere aggiunte resero pericolante tutto l’edificio.

La vecchia e la nuova chiesa

Resosi necessario un accertamento sullo stato dell’edificio ampliato, fu sentito il parere di molti ingegneri con le loro osservazioni, tra i quali l’ingegnere e architetto del duomo di Milano, Pellegrino de’ Pellegrini Tibaldi (1527 - 1596) che è tra i primi in quella città e notissimo in Lombardia. Pellegrino Tibaldi dopo aver fatto “piombare” i muri vecchi della chiesa, quelli nuovi e i pilastri stende la propria relazione sullo stato attuale dell’edificio e sulla soluzione da trovare, rispondendo ai quesiti posti dai deputati della Schola S.M. intorno alla sicurezza statica e alla ristrutturazione o al rifacimento completo della fabbrica senza però entrare in incredibile spesa. Pellegrino Tibaldi rileva come cause dell’insicurezza della chiesa l’aver tolto l’antica facciata e appoggiato direttamente al muro le tre crociere per il suo ingrandimento; presenta una proposta radicale, sottolineando l’antieconomicità e l’antiesteticità di un’eventuale ristrutturazione sulla base dell’esistente.Il progetto di Pellegrino Tibaldi prevede davanti alla porta della chiesa un bellissimo portico, un corpo centrale con otto cappelle, quattro grandi archi che sorreggono la cupola sotto cui è posto il tempietto proprio nel luogo in cui apparve la Santissima Vergine ...Co’ far che il detto locho... resti assituato nella più bella et degna parte della giesa, anzi nel petto come il chore nel homo. Il progettista ha in mente un percorso che non è appena logistico-ambientale, ma spirituale: lo spazio dell’Apparizione è concepito talmente sacro che Pellegrino Tibaldi lo prevede quasi inaccessibile ...Si potrà ben permettere a’ molti che vaddino girando la detta schala sin ala fonte, che no’ sarà lecito di entrar nel detto santo locho dela Madonna, salva l’eccezione per le persone di molto grado. La ragione profonda è quella del rispetto al mistero, che attira e al tempo stesso incute santo timore. Ascanio Secco, Pietro Mangone Finetti, Antonio Basco e Stefano Baffi, deputati della Schola S.M., nel 1571 bandiscono un concorso per l’appalto delle opere della costruzione in diversi luoghi, specialmente Milano e Crema e nel circondario. E la “fabbrica” comincia ad allestirsi il 17 agosto 1571.